O PROFNIT é constituído por 28 Pontos Focais, a saber:

Instituto Federal da Bahia (IFBA)

Instituto Federal da Paraíba (IFPB)

Instituto Federal do Ceará (IFC)

Instituto Federal do Pará (IFPA)

Instituto Federal do Rio Grande do Sul (IFRS)

Instituto Federal Fluminense (IFF) (com UENF)

Universidade de Brasília (UnB)

Universidade do Estado do Amazonas (UEA)

Universidade do Sul e Sudeste do Pará (UNIFESSPA)

Universidade Estadual de Maringá (UEM)

Universidade Estadual de Santa Cruz (UESC)

Universidade Estadual do Centro Oeste do Paraná (UNICENTRO)

Universidade Federal da Bahia (UFBA)

Universidade Federal de Alagoas (UFAL)

Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)

Universidade Federal de Roraima (UFRR)

Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)

Universidade Federal de São João Del Rei (UFSJ)

Universidade Federal do Amapá (UNIFAP)

Universidade Federal do Amazonas (UFAM)

Universidade Federal do Mato Grosso (UFMT) (com IFMT e UNEMAT)

Universidade Federal do Oeste da Bahia (UFOB)

Universidade Federal do Oeste do Pará (UFOPA)

Universidade Federal do Paraná (UFPR)

Universidade Federal do Piauí (UFPI)

Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) (com INPI, UEZO, UFRRJ)

Universidade Federal do Tocantins (UFT)

Universidade Federal do Vale do São Francisco (UNIVASF)